La pompe de la piscine naturelle assure la circulation de l'eau entre la zone de baignade et la zone de lagunage. Son dimensionnement est crucial : le volume total du bassin doit circuler toutes les 4 à 8 heures pour maintenir la qualité biologique de l'eau.
Une pompe pour bassin naturel de faible consommation (pompe à vitesse variable ou à basse pression) est préférable pour limiter les coûts d'électricité. Le débit de pompe pour lagunage est calculé selon la surface de la zone de régénération et la profondeur du bassin.
